ベースアップ評価料を届出しないとどうなる？罰則や減算・対象外職員の扱いから令和8年度改定の救済策まで徹底解説

2026年現在の診療報酬改定において、医療機関の経営基盤強化やスタッフの処遇改善の観点から注目を集めているのが「ベースアップ評価料」です。しかし、「もしこのベースアップ評価料を届出しないとどうなるのか」「算定しなかった場合に経営や収入にどのような影響があるのか」と悩む医療機関の管理者や事務担当者は少なくありません。

厚生労働省の公開資料や疑義解釈によると、ベースアップ評価料は任意の届出項目であるため、届出を行わなかったからといって直ちに直接的な罰則や診療報酬の減算処分が科されるわけではありません。しかし、算定しない場合には大幅な収入試算上の機会損失が生じるほか、賃上げの流れに乗り遅れるリスクや、対象外職員との給与バランスの調整といった実務上の課題が発生します。本記事では、令和8年度診療報酬改定の最新動向を踏まえ、届出を行わない場合の具体的な影響、算定できないケース、対象外職員の扱い、さらには万が一届出が遅れた場合の救済策や通算ルールの実務ポイントまで詳しく解説します。

📌 【この記事の重要ポイントまとめ】

• 要点1：ベースアップ評価料は任意の届出であるため、届出しないことに対する直接的な罰則や減算処分は存在しない。
• 要点2：一方で、算定を見送ることで、本来得られるはずの診療報酬収入が失われ、医療機関の収支や職員の賃金改善に大きな差が生じる。
• 要点3：令和8年度改定における届出遅れへの救済策や、職員区分間の通算ルールなど、実務で迷いがちなポイントを正しく理解することが重要。

ベースアップ評価料を届出しないとどうなる？罰則や減算の有無と収入への影響

ベースアップ評価料の導入にあたり、多くの医療機関が懸念するのが「届出を行わなかった場合のペナルティ」です。結論から述べると、ベースアップ評価料を算定・届出しないことに対して、厚生労働省から直接的な罰則（罰金や営業停止など）が科されることはなく、通常の診療報酬が自動的に減算されるようなペナルティもありません。これは本制度が義務ではなく、医療機関の判断による任意の選択制となっているためです。

しかし、「罰則や減算がないから安心」と安易にスルーすることは、経営面で大きな機会損失につながります。ベースアップ評価料を算定しない場合、国が医療現場の賃上げを支援するために用意した財源を一切受け取れないことになります。特に無床クリニックや小規模な診療所においては、スタッフの離職を防ぎ優秀な人材を確保するための原資が不足し、結果として医療サービスの質低下や経営悪化を招くリスクが指摘されています。収入試算を行う際は、算定した場合のプラスアルファの収益と、賃金改善を実施するために必要な人件費増加分を慎重に比較検討することが求められます。

算定できないケースと対象外職員の正しい扱い方

医療機関のなかには、制度を理解していても「条件に合致せず算定できないケース」や「職員の雇用形態によって対象外となるケース」が存在します。実務上、どのような状況で算定が難しくなるのか、また対象外職員をどのように扱うべきかを知っておくことは極めて重要です。

例えば、新規開業直後でまだ実績や人員体制が十分に整っていない場合や、対象となる職員が一人も在籍していない、あるいは既に十分なベースアップを独自に行っているため要件を満たせないといったケースが挙げられます。また、職員の雇用形態に関しても注意が必要です。正規職員だけでなく、派遣社員や業務委託スタッフ、さらには経営陣である役員などの取り扱いについては、厚生労働省の疑義解釈（その12など）や地方厚生局のガイドラインにおいて細かく規定されています。特にパートやアルバイト、有期雇用職員を含む場合の賃金改善の配分方法や、対象外とされる職種とのバランス調整は、労務トラブルを防ぐためにも正確に把握しておく必要があります。

ベースアップ評価料の仕組みと影響に関する実務比較表

ベースアップ評価料を「届出・算定する場合」と「届出しない場合」の主な違いや、実務上の影響について整理したものを以下の比較表に示します。

令和8年度改定における届出遅れの救済策と「通算ルール」の実務ポイント

令和8年度の診療報酬改定に対応する中で、スケジュール管理の不手際や確認不足により、定められた期限までにベースアップ評価料の届出が間に合わなかった医療機関も少なくありません。このような届出遅れが発生した場合、従来であれば算定の機会を大きく逸していましたが、近年の運用では一定の救済策が設けられています。

公式の案内や疑義解釈資料によると、万が一やむを得ない事情で提出期限を超過した場合や不備が生じた場合には、可及的速やかに管轄の地方厚生（支）局へ提出を行うことが求められます。また、届出様式の活用や、各職員区分間における柔軟な給与配分を可能にする「通算ルール（両群合算ルールなど）」を正しく理解し活用することで、実務上のハードルを乗り越えることが可能です。通算ルールの計算方法や要件を正確に適用できれば、特定の職種だけに偏ることなく、組織全体で公平かつ合理的な賃金改善実績報告書を作成・提出することができます。

【ベースアップ評価料届出しないとどうなる】に関するよくある質問（FAQ）

Q1：ベースアップ評価料を届出しないと、税務上のペナルティや行政処分を受けますか？
A1：ベースアップ評価料は任意の算定項目であるため、届出を行わなかったこと自体を理由とする税務上の罰則や行政処分、診療報酬の減算は一切ありません。

Q2：一度届出を見送った場合、後から年度途中で新たに届出を行うことはできますか？
A2：原則として定められた算定要件や地方厚生局への提出期日を満たす必要がありますが、改定年度の運用ルールや疑義解釈によって随時見直される場合があるため、管轄の地方厚生局へ最新の状況を確認することをおすすめします。

Q3：パートやアルバイトなどの非正規職員は、ベースアップ評価料の対象外にしても問題ありませんか？
A3：対象職員の範囲や賃金改善の対象者選定には一定の規定があり、雇用形態だけで一律に除外できるわけではありません。具体的な規定については、厚生労働省の最新の疑義解釈を確認し、適切な労務管理を行うことが必要です。

まとめ：今後の動向と失敗しないための判断基準

ベースアップ評価料を届出しない場合に直接的な罰則や減算がないことは事実ですが、医療機関を取り巻く厳しい経営環境やスタッフの確保・定着を考慮すると、単に「面倒だから」「ペナルティがないから」という理由で見送ることは得策とは言えません。令和8年度の診療報酬改定をはじめとする最新の制度趣旨を正しく理解し、自院の収入試算や職員構成、事務負担のバランスを総合的に見極めた上で判断することが求められます。正確な情報を収集し、必要に応じて管轄の地方厚生局や専門家の見解を仰ぎながら、自院にとって最も持続可能な選択を行いましょう。 （出典: ベースアップ評価料届出 しない と どうなる（Yahoo!ニュース））